1996-1997 Eğitim ve Öğretim yılında Bilecik Valiliği Milli Eğitim Bakanlığına, Bilecik Fen Lisesinin açılması için teklifte bulunmuştur.
Teklif T.C.Milli Eğitim Bakanlığı Orta Öğretim Genel Müdürlüğü tarafından uygun görülerek 15.12.1996 tarihinde olur almak üzere Milli Eğitim Bakanı Sayın Prof. Dr.Mehmet SAĞLAM’a sunulmuş ve olur almıştır.

Okulumuz 1997-1998 Eğitim ve Öğretimine Bilecik il merkezinde Ertuğrulgazi Lisesi bünyesinde iki şube ile(2×24=48 öğrenci)eğitim ve öğretimine başlamıştır.

1997-1998 Eğitim ve öğretim yılında okulumuz ön kayıtlı öğrenci almıştır.Okulumuz karma olup öğrencilerimiz Ertuğrulgazi Lisesi Pansiyonundan faydalanmıştır.

Okulumuz 1998-1999 Eğitim ve Öğretim yılından itibaren Ertuğrulgazi Lisesi bünyesinde yapılan ek binada Eğitim ve Öğretimine devam etmiştir. 2001-2002 Eğitim ve Öğretim yılında ise yeni açılan Anadolu Öğretmen Lisesi binasına taşınmıştır. Okulumuz 2002-2003 Eğitim ve Öğretim yılı başında ise kendi binasına taşınmıştır.

Okulumuzun Bilecik Fen Lisesi adı 04.10.1999 tarih ve 001/9076 Valilik makamı onayı ile Refik Arslan Öztürk Fen Lisesi olarak değiştirilmiştir.

26.07.1997 tarihinde kurucu müdür olarak atanan Yunus KARAAĞAÇ görevini asaleten devam ettirmektedir.